TANRIC数据库有什么用
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TANRIC整合了来自TCGA, CCLE等大型肿瘤研究项目的数据，对多种肿瘤的lncRNA表达量进行分析，差异分析，并对lncRNA与临床信息，基因组等数据进行相关性分析。
网址如下
https://ibl.mdanderson.org/tanric/_design/basic/main.html
数据库构建的pipeline示意如下
以Gencode数据库中的lncRNA为标准进行分析，在分析前，过滤掉了其中与蛋白编码基因的exon有重叠的lncRNA
下载TCGA，CCLE等项目的RNA_seq数据，对肿瘤中的lncRNA进行定量，采用的是
RPKM的定量方式，筛选表达量在所有样本中平均值大于0.3的lncRNA进行后续差异分析从TCGA中下载样本对应的临床信息，基因组和蛋白组数据，分析lncRNA和这些数据之间的相关性，采用的是斯皮尔曼相关系数，以相关系数0.6作为阈值
网站分为了以下6个模块
1. Summary
这部分可以查看每种肿瘤的数据来源，样本个数等信息，示意如下
点击Show按钮，可以查看详细信息，示意如下
2. Visualization
这部分查看每个肿瘤中lncRNA表达量的聚类结果，以热图的形式呈现，示意如下
3. Download
这部分用于下载数据，示意如下
4. Analysis
其他3个模块结果是类似的，都是用于查看lncRNA分析的结果，分成了如下所示的3种分析
结果展示示意如下
对于肿瘤中的lncRNA研究而言，该数据库非常值得参考。
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文章名称：TANRIC数据库有什么用
网页URL：http://mswzjz.cn/article/ppshid.html