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本篇内容主要讲解“如何使用GetOrganelle软件组装叶绿体基因组”,感兴趣的朋友不妨来看看。本文介绍的方法操作简单快捷,实用性强。下面就让小编来带大家学习“如何使用GetOrganelle软件组装叶绿体基因组”吧!
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现在做植物的叶绿体基因组基本上都是直接以新鲜叶片做材料,提取总DNA测序,构建二代测序文库,然后利用现成的软件组装叶绿体基因组,省去了提取叶绿体的步骤
利用总DNA测序的数据组装叶绿体基因组的软件很多,有一篇综述介绍这些工具
https://genomebiology.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13059-020-02153-6
今天这篇推文我使用 GetOrganelle 这个软件,软件的Github链接 https://github.com/Kinggerm/GetOrganelle
对应的论文
https://genomebiology.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13059-020-02154-5
软件的github主页对软件的使用方法介绍的很详细,这款软件是昆明植物所的老师开发的,还开设了qq群进行答疑,qq群号在gitbub的主页末尾可以看到
安装直接使用conda,非常容易
conda install -c bioconda getorganelle
想要在linux系统下使用conda命令需要安装miniconda或者Anaconda3,我之前录制过一期视频介绍linux系统安装 Anaconda3,不熟悉的可以找来看看 https://www.bilibili.com/video/BV1Ft4y1e7w2
软件安装好以后还得下载参考基因组,运行如下命令
组装用到的命令是get_organelle_from_reads.py
,使用到的参数有
-1 -2 分别制定双端测序数据的路径
-o 制定输出文件的文件名
-R -k 具体是什么意思我还不知道,-R按照帮助文档直接设置15应该就可以,-k后面接的数字也可以按照他帮助文档的来设置,现在双端测序通常是150bp,这个-k参数直接设置105和121就可以,这个数字少一点,速度应该会快一点。
-F 指定参考,如果是叶绿体基因组后面直接跟 embplant_pt 就可以
因为叶绿体基因组的拷贝数高,基本上2G的数据量就够组装得到完整基因组用的了。所以直接用head命令取全基因组测序数据的前2千万行就够了
head -n 20000000 data_R1.fastq > R1.fastq
head -n 20000000 data_R2.fastq > R2.fastq
最后是组装
get_organelle_from_reads.py -1 R1.fastq -2 R2.fq -o plastome_output -R 15 -k 105,121 -F embplant_pt
如果组装成功最后会得到两条序列,这两条序列差别在小单拷贝区方向不同,我自己的处理方式是选一些近缘的参考叶绿体基因组来构建进化树,去掉枝长明显过长的那一个。
到此,相信大家对“如何使用GetOrganelle软件组装叶绿体基因组”有了更深的了解,不妨来实际操作一番吧!这里是创新互联网站,更多相关内容可以进入相关频道进行查询,关注我们,继续学习!