GreeNC数据库有什么用

这篇文章将为大家详细讲解有关GreeNC数据库有什么用，小编觉得挺实用的，因此分享给大家做个参考，希望大家阅读完这篇文章后可以有所收获。

卫辉ssl适用于网站、小程序/APP、API接口等需要进行数据传输应用场景，ssl证书未来市场广阔！成为创新互联的ssl证书销售渠道，可以享受市场价格4-6折优惠！如果有意向欢迎电话联系或者加微信：18980820575（备注：SSL证书合作）期待与您的合作！

GreeNC数据库收录了植物和藻类的lncRNA信息，网址如下

http://greenc.sciencedesigners.com/wiki/Main_Page

该数据库中的lncRNA是软件预测的结果, pipeline示意如下

利用RNA_seq数据组装得到转录本之后，再进行以下几个筛选步骤

1. 挑选长度大于200nt的转录本；

2. 挑选ORF长度小于360nt(蛋白质小于120个氨基酸)的转录本；

3. 和swiss-prot蛋白数据库比对，挑选没有比对上的转录本或者采用CPC软件预测蛋白编码潜能，挑选预测结果为non-coding的转录本，取两种方法的并集作为候选的lncRNA;

4. 和miRBase，Rfam数据库比对，挑选没有比对上的转录本作为最终的lncRNA

对于预测到的lncRNA序列，通过Repeatmasker软件分析其中的重复元件。所有预测的lncRNA， 又分为以下两类

1. high confidence

2. low confidence

和swissport没有比对结果，CPC软件预测为non-coding, 没有比对上miRBase和Rfam数据库，同时符合这3点条件的lncRNA, 归类为high confidence，如果只满足其中2个条件，归类为low confidence; 还有一种情况，如果一个lncRNA的重复元件比例太多，也被归类为low confidence。

目前该数据库收录了49个物种的lncRNA信息，以水稻Oryza sativa为例，检索结果如下所示

默认只展示5个lncRNA信息，通过右下方的more，可以查看完整结果，示意如下

1. Genes

2. Transcripts

该数据库预测lncRNA的策略较为严格，值得我们借鉴。

关于“GreeNC数据库有什么用”这篇文章就分享到这里了，希望以上内容可以对大家有一定的帮助，使各位可以学到更多知识，如果觉得文章不错，请把它分享出去让更多的人看到。

当前标题：GreeNC数据库有什么用
文章分享：http://mswzjz.cn/article/jsddss.html