circRNA_finder中如何识别环状RNA
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1. STAR比对参考基因组
STAR是一款转录组数据的比对软件，其支持嵌合体的比对方式，也就是说支持一条reads的两个部分比对到不同的基因组区域，而环状RNA的junction reads就是符合这样的要求，代码如下
STAR \ --genomeDir hg19_star_db/ \ --readFilesCommand gunzip -c \ --readFilesIn R1.fastq.gz R2.fastq.gz \ --runThreadN 4 \ --chimSegmentMin 20 \ --chimScoreMin 1 \ --alignIntronMax 500000 \ --outFilterMismatchNmax 4 \ --alignTranscriptsPerReadNmax 100000 \ --twopassMode Basic \ --outSAMtype BAM SortedByCoordinate \ --chimOutType SeparateSAMold \ --outFilterMultimapNmax 2 \ --outFileNamePrefix C1
虽然软件提供了一个名为runStar.pl的脚本，但是由于STAR的版本问题，使用起来并不方便。该脚本本质上是对STAR的封装，直接用STAR就好了，参数设置可以参考脚本中的设置。
2. 运行circRNA_finder
第二步就是预测环状RNA,代码如下
perl \ postProcessStarAlignment.pl \ --starDir star_out_dir \ --minLen 100 --outDir output_dir
运行完成之后，会三个文件,对应的后缀如下所示
_filteredJunctions.bed
_s_filteredJunctions.bed
_s_filteredJunctions_fw.bed
第一个文件为所有环状RNA的结果文件；第二个文件为剪切位点符合GT-AG剪切信号的环状RNA；第三个文件和第二个文件的环状RNA相同，只不过新增了环状RNA连接点附近的线性RNA平均测序深度信息。通常情况下，我们选择第二个文件的结果作为最终的环状RNA预测结果，该文件内容示意如下
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