双序列比对java代码,双序列比对java代码编程
java 两个Map进行比较
跟你说下思路：
创新互联公司主营东台网站建设的网络公司,主营网站建设方案,成都App制作,东台h5小程序设计搭建,东台网站营销推广欢迎东台等地区企业咨询
第一步，循环Map1的key，取得key；
第二部，根据key取得对应的List；
第三部，循环List，取出List中的每一项SoftWare跟另外一个Map比较。
如果另外一个Map中没有则创建一个LIst，并加入到该List中，最后将该List放入Map3中。
代码：
import java.util.*;
public class Test2
{
public static void main(String[] args)
{
MapString,ListSoftWare map1 = new HashMapString,ListSoftWare();
MapString,ListSoftWare map2 = new HashMapString,ListSoftWare();
MapString,ListSoftWare map3 = new HashMapString,ListSoftWare();
ListSoftWare list1 = new ArrayListSoftWare();
list1.add(new SoftWare(""));
list1.add(new SoftWare(""));
list1.add(new SoftWare(""));
map1.put("Type1",list1);
ListSoftWare list2 = new ArrayListSoftWare();
list2.add(new SoftWare(""));
list2.add(new SoftWare(""));
list2.add(new SoftWare(""));
map2.put("Type1",list2);
for (IteratorString it=map1.keySet().iterator();it.hasNext() ; )
{
String key = it.next();
ListSoftWare list = map1.get(key);
ListSoftWare list3 = new ArrayListSoftWare();
for (SoftWare sw : list)
{
if (!IsInMap(sw,map2))
{
list3.add(sw);
}
}
if (list3.size() 0)
{
map3.put(key,list3);
}
}
System.out.println("downloadLink不一致的元素：");
for (IteratorString it=map3.keySet().iterator();it.hasNext() ; )
{
String key = it.next();
ListSoftWare list = map3.get(key);
System.out.println("软件类型：" + key);
System.out.println("该软件类型下的软件：");
for (SoftWare sw : list)
{
System.out.println(sw.getDownloadLink());
}
}
}
public static boolean IsInMap(SoftWare sw,MapString,ListSoftWare map) {
for (IteratorString it=map.keySet().iterator();it.hasNext() ; )
{
String key = it.next();
ListSoftWare list = map.get(key);
for (SoftWare sws : list)
{
if (sws.getDownloadLink().equals(sw.getDownloadLink()))
{
return true;
}
}
}
return false;
}
}
class SoftWare
{
private String downloadLink;
public void setDownloadLink(String downloadLink) {
this.downloadLink = downloadLink;
}
public String getDownloadLink() {
return this.downloadLink;
}
SoftWare(String downloadLink) {
this.downloadLink = downloadLink;
}
SoftWare() {
}
}
Java中的compareTo()函数是怎么用的？
compareTo() 方法用于将 Number 对象与方法的参数进行比较。可用于比较 Byte, Long, Integer等。该方法用于两个相同数据类型的比较，两个不同类型的数据不能用此方法来比较。
语法
public int compareTo( NumberSubClass referenceName )
参数
referenceName -- 可以是一个 Byte, Double, Integer, Float, Long 或 Short 类型的参数。
返回值
1、如果指定的数与参数相等返回0。
2、如果指定的数小于参数返回 -1。
3、如果指定的数大于参数返回 1。
Java中的compareTo()函数用法比较另一个函数字符：public int compareTo(String anotherString)
按字典顺序比较两个字符串。该比较基于字符串中各个字符的 Unicode 值。将此 String 对象表示的字符序列与参数字符串所表示的字符序列进行比较。如果按字典顺序此 String 对象在参数字符串之前，则比较结果为一个负整数。
如果按字典顺序此 String 对象位于参数字符串之后，则比较结果为一个正整数。如果这两个字符串相等，则结果为 0；compareTo 只有在方法 equals(Object) 返回 true 时才返回 0。
这是字典排序的定义。如果这两个字符串不同，则要么它们在某个索引处具有不同的字符，该索引对二者均为有效索引，要么它们的长度不同，或者同时具备上述两种情况。
如果它们在一个或多个索引位置上具有不同的字符，假设 k 是这类索引的最小值；则按照 运算符确定的那个字符串在位置 k 上具有较小的值，其字典顺序在其他字符串之前。
这种情况下，compareTo 返回这两个字符串在位置 k 处的两个不同的 char 值，即值：
this.charAt(k)-anotherString.charAt(k)
如果它们没有不同的索引位置，则较短字符串在字典顺序上位于较长字符串的前面。这种情况下，compareTo 返回这两个字符串长度的不同，即值：
this.length()-anotherString.length()
指定者： 接口 ComparableString 中的 compareTo
参数： anotherString - 要比较的 String。
返回： 如果参数字符串等于此字符串，则返回 0 值；如果按字典顺序此字符串小于字符串参数，则返回一个小于 0 的值；如果按字典顺序此字符串大于字符串参数，则返回一个大于 0 的值。
扩展资料：
compareTo就是比较两个值，如果前者大于后者，返回1，等于返回0，小于返回-1，我下面给出了例子，由于比较的变量我用的是int，int型可以直接比较，所有没有用到compareTo比较，如果声明的是Date、String、Integer或者其他的，可以直接使用compareTo比较，比如以下函数代码用法：
public int compareTo(TestModel1 o) {
return this.str1.compareTo(o.str1);
}
1.当两个比较的字符串是英文且长度不等时，
1）长度短的与长度长的字符一样，则返回的结果是两个长度相减的值
a="hello";
b="hell";
num=1;
或者
a="h";
b="hello";
num=4;
2)长度不一样且前几个字符也不一样,从第一位开始找，当找到不一样的字符时，则返回的值是这两个字符比较的值
a="assdf";
b="bdd";
num=-1;
2.当两个比较的字符串是英文且长度相等时，
1)一个字符
a="a"; //97
b="b"; //98
num=-1;
2）多个字符,第一个字符不同则直接比较第一个字符
a="ah"; //a=97
b="eg"; //e=101
num=-4
3）多个字符,第一个字符相同则直接比较第二个字符,以此类推
a="ae"; //e=101
b="aa"; //a=97
num=4;
参考资料：百度百科-compareTo
JAVA里面，怎样找出两个list中相同的元素，
循环取出list1的元素，然后循环和list2中的元素进行比较，如果相等就输出该元素。代码如下：
import java.util.ArrayList;
import java.util.List;
public class Test {
public static void main(String[] args) {
ListInteger list1 = new ArrayListInteger();
ListInteger list2 = new ArrayListInteger();
list1.add(2);
list1.add(3);
list1.add(5);
list2.add(2);
list2.add(5);
list2.add(6);
list2.add(8);
for(int i = 0; i list1.size();i++){
int temp = list1.get(i);
for(int j = 0; j list2.size();j++){
if(temp == list2.get(j)){
System.out.println("有相同的元素: " + temp);
}
}
}
}
}
序列比对空位罚分原理
序列比对(Sequence Alignment)是通过在序列中搜索--系列单个性状或性状模式来比较2个(双序列比对)或更多( 多重序列比对)序列的方法
按比对序列条数分类
双序列比对:两条序列的比对
多序列比对:三条或以上序列的比对
1.相似的序列可能具有相似的功能与结构
2.发现一个基因或蛋白哪些区域容易发生突变，哪些位点突变后对功能没有影响
3.发现生物进化方面的信息
空位为了获得两个序列最佳比对，必须使用空位和空位罚分
空位罚分分类:
空位开放罚分(Gap opening penalty)
空位扩展罚分(Gap extension penalty)
最优的序列比对通常具有以下两下特征:
尽可能多的匹配
尽可能少的空位
插入任意多的空位会产生较高的分数，但找到的并不一定是真正相似序列
Wx=g+r(x-1)
Wx:空位总计分
g: 空位开放罚分（Gap Opening Penalty）
r: 空位扩展罚分（Gap Extension Penalty）
x: 空位长度
默认gap开头罚分高，gap延长罚分低，这样得出的结果gap很集中，有很多长串出现的gap，这可以比对两条很相似的序列–同源序列；相反，如果gap开头罚分少，gap延长罚分高，比对结果gap就比较分散，极少出现连续长串的gap（可以想象其中的原因，总是要保证得分高），这可以比对两条绝大部分序列都很相似，但其中一条的一个功能区在另一条序列中是缺失的两条序列，可以找出这个功能区。
文章标题：双序列比对java代码,双序列比对java代码编程
本文链接：http://mswzjz.cn/article/hopigs.html