dbCoRC数据库怎么用

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在人和小鼠中，已经识别到的转录因子有几百种之多。众所众知，转录因子的调控作用是具有细胞或者组织特异性的，在某种特定的组织或细胞中，发挥调控功能的只是一小部分转录因子。

科学家通过研究发现，即使是在特定的细胞或组织中，发挥作用的转录因子在调控网络中的地位也是不同的。其中有一部分转录因子被称之为核心转录因子，这部分转录因子不仅仅可以调节自身的靶基因，而且可以相互调节，从而构成一条交叉调节的回路，最典型的就是胚胎干细胞中，NANOG,SOX2,POU5F1/OCT4 这几种转录因子构成的调控回路。

将某种细胞或者组织中的核心转录因子及其调控回路称之为core transcription regulatory circuitry, 简称CRC。超级增强子SE区域内包含许多转录因子结合位点，有科学家发明了CRC Mapper这种算法，通过超级增强子关联的转录因子来识别细胞或组织中的CRC。

dbCoRC是一个核心启动因子数据库，通过超级增强子关联的转录因子来鉴定不同组织或者细胞中的CRC。以H3K27ac作为增强子的mark, 从GEO数据库中下载chip_seq原始数据，首先通过MACS软件识别增强子区，然后通过ROSE软件识别超级增强子。

识别到超级增强子之后，首先利用TRANSFAC/MEME数据库下载转录因子motif信息，通过FIMO软件进行motif scan分析，在超级增强子区域内寻找转录因子结结合位点。利用这种策略寻找超级增强子想关联的转录因子，在此基础上识别CRC, 完整的pipieline如下图所示

对应的文章发表在Nucleic Acids Research上，链接如下

https://academic.oup.com/nar/article/46/D1/D71/4103600

数据库的网址如下

http://dbcorc.cam-su.org/

通过Browser菜单，可以浏览每个样本中的CRC信息，示意如下

点击样本名称，可以查看详细信息，首先是给样本中的核心转录因子构成的调控网络，示意如下

其次是核心转录因子对应的超级增强子区域，示意如下

点击转录因子的ID, 可以查看该转因子在其他转录因子SE区域的结合位点，示意如下

同时还提供了该转录因子在TCGA等不同数据库中的表达量信息，示意如下

dbCoRC侧重于分析超级增强子区域关联的转录因子间的调控关系，如果只是单纯的分析超级增强子，更加推荐SEdb数据库。

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