linux中的对齐命令 linux内存对齐

linux下printf中\n的重要作用?

1、在windows系统中，\n为换行，也就是输出一行后，光标指向下一行。

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2、printf(second line\n)；换行符（line break）是指一种计算机语言表达方式，它的作用是让换行符后方的内容另起一行展示。在不同的语言中，代码也有所不同。例如：、\n、endl等。

3、\n是转义字符，表示换行，在新的一行继续输出。\n\n就是换两次行 所有的ASCII码都可以用“\”加数字（一般是8进制数字）来表示。

4、c语言中， %d\n 是printf()函数的格式控制，%d是printf()函数的格式声明，表示结果只能输出十进制整数，\n是普通字符中的换行符，表示输出后控制移到下一行的开头。

如何在Linux服务器上安装使用bowtie

比对的是：使用idba_ud拼接的AER314-4raw_data基因组与转录组数据。

Short reads data (fastaq格式 .fastaq， .fq)BWA的准确率高，是SNP分析的首选比对软件。而Bowtie借着其算法上的优势，在运算速度上一举成名。如果对速度的要求高于准确率的时候，bowtie就成了不二选择。

双端比对模式基本与单端一致，只需替换fastq文件传入的参数即可 -1 ：一链fastq文件 -2 ：二链fastq文件 Bowtie2 还有更多详细的比对参数可以调整，这里就不一一介绍了。下面再介绍其输出的SAM文件中各列的含义。

因此Tophat只可以调用bowtie，而Tophat2不仅可以调用bowtie2（默认）还可以更改设置调用bowtie。

-4个小时吧，人类基因组。我在windows下跑了接近10个小时，后来在linux下跑，一般不超过4小时就搞定了。

Bowtie2 看下bowtie2的比对结果 比对率为12%~54%，除去未比对上的reads，single mapped reads最多。

python,awk,shell格式化输出内容全解

方式一：(%s)在Python中，%运算符就是用来格式化字符串的。在字符串内部，%s表示用字符串替换，%d表示用整数替换，有几个%？占位符，后面就跟几个变量或者值，顺序要对应好。如果只有一个%，括号可以省略。

awk BEGIN{ commands } pattern{ commands } END{ commands } file 一个awk脚本通常由BEGIN， 通用语句块，END语句块组成，三部分都是可选的。 脚本通常是被单引号或双引号包住。

，shell 在所有linux上通用，不用编译，不用额外安装其它，直接运行，2，shell 很多命令并不是所有linux都有预装，大量的使用echo，for会降低很多效率，而awk里执行for，变量传递，效率很高。

python字符串和json之间互相转换：json_str = json.dumps(data)data = json.loads(json_str)json格式化输出：格式化打印 pprint 格式化输出 在编码JSON的时候，还有一些选项很有用。

如何测试云硬盘

测试云硬盘可以通过上传影音或者文件，看看文件上传的速度以及云硬盘的响应速度，也可以通地网站的访问速度以及系统的访问速度孝可以直接看到云硬盘的相关的性能。云硬盘的使用标准，如果是影音方面的使用，至少要求160G以上。

在测试移动云云硬盘的性能时，需要创建待测试的云硬盘，并且将云硬盘挂载到云主机上。由于不同测试工具有性能误差，所以云硬盘产品测试工具建议使用FIO。

方法1 下载HD Tune软件，它是一款小巧易用的磁盘工具软件，其主要功能有硬盘传输速率检测，健康状态检测，温度检测及磁盘表面扫描等。

HDTune使用方法，打开HDTune硬盘检测工具后我们可以选择硬盘，可以看到硬盘的温度。在HDTune硬盘检测工具右侧选择读取或者写入，然后点击开始可以测试硬盘的读取和写入速度。

云主机测试方法：测试CPU，测试它的计算能力，运行时间越短计算能力越好。内存，测试内存分配传输速度，内存吞吐量越大，说明越好 看磁盘，磁盘吞吐量越大，说明磁盘性能越好。

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